Obilazak Kuće Panonskog mora koncipiran je tako da počinje uvodnom prezentacijom o životu na našem Planetu, fosilima – na koji se način sačuvaju i što nam pričaju o nekadašnjem okolišu, s posebnim osvrtom na živi svijet Panonskog mora. Prezentacija završava igrom u pijesku obale Panonskog mora, na interaktivnom podu dvorane. Nakon što je posjetitelj uveden uvodnom prezentacijom u temu koja se prožima kroz cijeli postav, stvarni obilazak različitih priča miocenskog razdoblja Papuka počinje u drugoj dvorani.  U toj dvorani na četiri zida kombinacijom interaktivnih ekrana i stvarnih izloženih fosila pronađenih na Papuku, obrađuju se zasebno teme podmorje, obala, kopno u miocenu i Papuk danas.