U Europi živi oko 45 vrsta šišmiša, a od toga je čak 35 evidentirano u Hrvatskoj. Sve su vrste šišmiša u Hrvatskoj strogo zaštićene Zakonom o zaštiti prirode  te se sve vrste nalaze na popisu ugroženih vrsta prema Crvenoj knjizi životinjskih vrsta Republike Hrvatske - Sisavci. 

Razlozi ugroženosti šišmiša su gubitak staništa,  zatrpavanje špilja smećem, njihovo trovanje pesticidima, smanjivanje količine kukaca te uznemiravanje, isušivanje i onečišćavanje voda. Posljednjih se godina utvrdio i veoma štetan utjecaj vjetroelektrana na cijele populacije šišmiša.

Šišmiši su iznimno važan dio svjetskih ekosustava - bitna su karika u prirodnom obnavljanju tropskih šuma, oprašivanju čitavog niza biljaka koje cvatu noću, kontroliraju brojnost noću aktivnih kukaca. Koliko su šišmiši korisni govori podatak da jedinka šišmiša u samo jednoj noći može pojesti i do 500 komaraca, tako da su važni za regulaciju broja kukaca u prirodi. Samo tri vrste šišmiša su krvoločne i hrane se krvlju životinja (ližu krv). U umjerenom pojasu, pa tako i u Hrvatskoj hrane se isključivo kukcima i paucima. Nastanjuju sve naše ekosustave. Obitavaju u spiljama, u šumama, u nadzemnim objektima poput kuća, zgrada, crkava i dvoraca, te ovisno o godišnjem ciklusu koriste čitav niz različitih skloništa. Tijekom zime svi šišmiši spavaju zimski san (hibernacija) kada se zavuku na neko mirno mjesto stabilne temperature i vlažnosti.

Većina vrsta šišmiša orijentira se i prepoznaje plijen poput kukaca, plodove, cvjetove koje oprašuju pomoću eholokacije. Šišmiši ispuštaju ultrakratke zvučne signale koji se odbijaju od prepreka u prostoru i potencijalne hrane. Odjeke takvih zvučnih signala primaju ušima te procesuiraju u posebno prilagođenom živčanom sustavu. Na temelju „zvučne slike odjeka određuju mjesto, kut i teksturu prepreke ili plijena. Svaka vrsta šišmiša glasa se na specifičan način. Šišmiši osim u svrhu eholokacije ispuštaju i socijalne zvukove u svrhu komunikacije majka-mlado, označavanja teritorija, poziva u pomoć i privlačenja ženki. Tada ih možemo čuti jer se glasaju na nižim frekvencijama u čujnom području čovjeka.

Šišmiši su jedini sisavci koji imaju sposobnost aktivnog leta. Međutim, šišmiši nemaju prava krila kao ptice nego opnu koja je razapeta između prednjih i stražnjih udova, a zove se letnica. Mnoge vrste šišmiša lete brzinama od 18 do 29 km/h, dok neke vrste mogu letjeti i brže od 50 km/h

Žive iznimno dugo, godišnje imaju samo jedno mlado, a postotak smrtnosti novorođenih iznosi i više od 50%, pa se stoga populacije pojedinih vrsta vrlo teško oporavljaju.

Svake godine 33 europske zemlje potpisnice Sporazuma o zaštiti europskih populacija šišmiša (UNEP/EUROBATS), među kojima je i Hrvatska, obilježavaju Europsku noć šišmiša kako bi upozorile javnost na potrebu zaštite šišmiša.