U skladu s Odlukom o upisu učenika u I. razred srednje škole u školskoj godini 2016./2017. prve prijave kandidata u sustav NISpuSŠ započinju u četvrtak 2. lipnja 2016. godine iza 12.00 sati. 
Pri prvoj prijavi potrebno je unijeti korisničko ime i lozinku dobivenu u osnovnoj školi nakon čega je moguće unijeti broj mobitela na kojega kandidat želi da mu bude dostavljen SMS s PIN-om. Nakon što zaprimi PIN, kandidat pri svakoj sljedećoj prijavi u sustav unosi korisničko ime, lozinku i PIN. Ukoliko PIN nije stigao SMS-om potrebno je ponovno pokušati unijeti broj mobitela. Po uspješnoj prijavi u sustav moguće je pregledati osobne podatke i ocjene, a nakon što se iz e-Matice prenesu i rezultati natjecanja, bit će moguće pregledati i te podatke. U slučaju nepravilnosti u podacima potrebno se javiti razrednici. 

Sve informacije o postupku prijava i upisa u srednju školu za školsku godinu 2016./2017. dostupne su u publikacijama prema tipu učenika: 
- Redovni učenici 
- Učenici s teškoćama u razvoju
- Umjetnički programi i odjeli za sportaše
- Kandidati iz drugih obrazovnih sustava
- Primjeri bodovanja