Dva su velika rukavca Nila: Bijeli Nil, od ekvatorijalne Afrike, i Plavi (Modri) Nil, od Etiopije.

Oba rukavca nastaju na zapadnom rubu istočnoafričkog rascjepa, koji je južni dio velikog tektonskog jarka.

Viktorijino jezero, koje se nalazi između Ugande, Kenije i Tanzanije, smatra se izvorom Nila makar i u samo jezero utječu rijeke znatnih veličina iz ostalih velikih jezera Afrike.

Ističe se najdalji odvojak rijekeRuvyronza u Burundiju koja je gornji Pritok rijeke Kagera. Kagera teče 690 km prije nego dosegne Viktorijino jezero.

Po izlasku iz Viktorijinog jezera rijeka se naziva Viktorijin Nil.

Teče dalje oko 500 km, Kroz jezero Kioga, dok ne dosegne Albertovo jezero.

Nakon izlaska iz Albertovog jezera rijeka je poznata pod imenom Albertov Nil. Tada otječe u Sudan, gdje postaje poznata pod imenom Bahr el Džebel.

Na stjecištu Bahr el Džebela s Bahr el Gazalom, rijekom koja je i sama duga 720 km, rijeka postaje poznata kao Bahr al Abjad, ili Bijeli Nil, po boji gline u njenim vodama. Od ove točke rijeka teče prema Kartumu.

Plavi Nil (Bahr al Azrak u Sudanu, Abaj u Etiopiji) izvire iz jezera Tana u Etiopskom gorju.

Plavi nil teče oko 1.400 km do Kartuma, gdje se Plavi i Bijeli Nil spajaju i stvaraju “Nil.”

Većina vode koju Nil nosi (oko 80-85%) dolazi iz Etiopije, no veći dio vode prolazi koritom Nila samo ljeti kada na Etiopsku visoravan padaju jake kiše.

Ostatak godine velike rijeke u Etiopiji koje utječu u Nil nose vrlo malo vode ili su sasvim suhe.

Nakon što se Plavi i Bijeli Nil spoje, jedino još rijeka Atbara znatnije doprinosi Nilu.

Ona izvire u Etiopiji sjeverno od jezera Tana i duga je otprilike 800 km. Spaja se s Nilom oko 300 km nakon Kartuma, na otprilike pola njegovog puta prema moru. Od ove točke prema sjeveru Nil se smanjuje zbog isparavanja.

Nil u Sudanu poseban je iz dva razloga:

1) teče preko 6 skupina slapova, od prve kod Asuana do šeste kod Sabaloke (sjeverno od Kartuma); i

2) okreće smjer velikim dijelom toka, teče natrag prema JZ da bi se opet okrenuo na sjever do mora. To je "Veliki riječni zavoj Nila.

Nakon toga Nil dolazi do umjetnog jezera Nasser, zatvorenog Asuanskom branom 270 km unutar Egipta od sudanske granice.

Od 1998, određena se količina vode iz jezera Nasser izlila na zapad i formirala jezera Toshka.

Od Nasserovog jezera glavni tok teče na sjever kroz Egipat prema Sredozemnom moru. Jedan se rubni kanal ,Bahr Yussef, odvaja od glavnog toka nizvodno od grada Asjuta, I prazni u Fayum. Delta Nila, mjesto gdje se Nil ulijeva u Sredozemno more, je eponim svih riječnih delti svijeta.

Bogati riječni mulj nošen na istok vodenim strujama poticao je ribolovnu industriju istočnog Sredozemlja, ili je barem tako bilo do izgradnje Asuanske brane.