Butrint je naseljen još u prapovijesti, a bio je i grčka kolonija, rimski grad i sjedište biskupije. Vrhunac je doživio u 4. st. pr. Kr. kada je brojao oko 10,000 stanovnika. Iz tog vremena očuvane su kiklopske zidine (6 m), akropola, Asklepijevo kazalište i hram, te oko stotinu natpisa na starogrčkom.

Nakon što je proživio godine prosperiteta u Bizantskom carstvu, kratko vrijeme su ga okupirali Mlečani (1386.). Napušten je u kasnom srednjem vijeku kada se u njemu stvorila močvara koja je polako okupirala grad i prijetila bolestima.

Ponovno su ga otkrili talijanski arheolozi I. Ugolini, P. Marconi i D. Mustili, koji su pokrenuli sustavna iskapanja od 1928. do 1941. godine koja su dovršili albanski arheolozi nakon Drugog svjetskog rata. Pokazalo se da su mulj i močvarna vegetacija zaštitile brojne vrijedne spomenike. Današnja arheološka lokacija je prepuna ostataka koji predstavljaju svaki od razdoblja u kojima se grad razvijao.