Po ondašnjem pravnom shvaćanju on dosljedno ide dalje te odjeljuje i na crkvenom polju Posavsku Hrvatsku od metropolije u Splitu i ostale Hrvatske te osniva u Zagrebu biskupiju oko 1094., točnije - po povijesnim vrelima - između druge polovice 1093. i prve polovice 1094. godine. Razlog je osnivanja biskupije taj što je sjeverna Hrvatska bila daleko od biskupskih sjedišta u Splitu, Kninu i Ninu, pa je ovdašnji kršćanski narod lako mogao zapasti u vjersko neznanje i krivovjerje. To je vjerski razlog i potpuno je opravdan.

Uz taj razlog vjerojatno je postojao i drugi, politički razlog, da se što jače utvrdi utjecaj vladarske kuće Arpadovića u Hrvatskoj. Zagrebačku biskupiju podvrgava metropolitu u Ostrogonu, pod kojim ona ostaje do god. 1180., kada je potpala pod Kaločku metropoliju i ostala pod njom sve do svog uzdignuća na stupanj nadbiskupije i Hrvatsko-slavonske metropolije (1852. god.).

Brzo nakon osnutka biskupije u Zagrebu (oko 1094. god.) počelo se s gradnjom stolne crkve u prelaznom romaničko-gotičkom stilu. Gradnja je trajala dugo te je tek 1217. godine bila završena i posvećena. Uskoro je ona teško stradala za provale Tatara (1242. god.), ali ju je već biskup Timotej (1263-1287) počeo temeljito obnavljati u gotskom stilu.

Biskup Duh prvi je zagrebački biskup, kojega je na tu dužnost oko 1094. imenovao utemeljitelj biskupije, ugarski kralj Ladislav I.. Po narodnosti je bio Čeh, dok neki tvrde da je bio Slovak. Nisu poznate godine i mjesto rođenja i smrti, no vjerojatno nije dugo bio zagrebačkim biskupom jer se za njegova nasljednika Bartolomeja kaže da je biskupovao još za života kralja Ladislava, koji je umro 1095. godine. Duh je za biskupa najvjerojatnije posvećen u ugarskom crkvenom središtu Ostrogonu jer je zagrebačka biskupija bila podređena ostrogonskoj metropoliji. Biskupa Duha zagrebački Česi redovito ističu kao prvog poznatog Čeha u Zagrebu i cijeloj Hrvatskoj i uobičajeno se kaže da s biskupom Duhom počinju neprekinute hrvatsko-češke veze.

Zagrebačka katedrala prije potresa. Imala je jedan toranj.

9. studenog 1880. u 7 sati, 3 minute 3 sekunde dogodio se veliki potres u Zagrebu, srušio je svodove u katedrali, zdrobio oltare, probio pod i oštetio zvonik.

Tadašnji ljetopisci zapisali su da se to "zgodilo" u 7 sati, 3 minute i 3 sekunde. Potres je bio jačine 6,3 po Richteru, s epicentrom na Medvednici. Zagreb se, pisale su tadašnje novine, "fes prodrmal", "splašil je ljude", a odnio je, nažalost, i dva života.

Zagreb je tada brojao, prema povijesnim knjigama, nešto manje od 30 tisuća stanovnika. Prema podacima iz 2018. godine, u Zagrebu živi 802.338 stanovnika.

U tom prvom udaru i nekoliko slabijih tijekom sljedećih par sati trajno je oštećeno 485 kuća, a 462 su oštećene i oko 450 s manjim oštećenjima. Nastradala je i zagrebačka katedrala, koja je potom u potpunosti renovirana i nadograđena prema projektu Hermanna Bolléa.

Katedrala dobiva svoj današnji oblik s dva vitka tornja vidljiva iz cijelog grada. Visina tornjeva iznosi 105 metara, iako mišljenja građana o visini nisu usklađena…

Zagrebačka biskupija uzdignuta u nadbiskupiju – 1852.

Prvi nadbiskup bio je Juraj Haulik.

Još od 13 stoljeća zagrebački biskupi nastoje da se zagrebačka biskupija uzdigne u nadbiskupiju i tako izuzme ispod ugarske crkvene hijerarhiju. Sve do sredine 19. stoljeća to su sprečavale razne političke zavrzlame. Pitanje se ponovo aktualizira za vrijeme hrvatskog narodnog preporoda kada po tom pitanju urgira Hrvatski sabor, kojim je tada predsjedao zagrebački biskup Juraj Haulik u svojstvu banskog namjesnika. Nakon što su 1848. godine prekinuti državnopravni odnosi između Hrvatske i Ugarske, ban Jelačić osobno u Beču traži osnivanje zagrebačke nadbiskupije. Napokon 12. kolovoza 1850. car Franjo Josip potpisuje odredbu kojom se zagrebačka biskupija uzvisuje na čast nadbiskupije za hrvatsko-slavonsku crkvenu pokrajinu. Zbog dugotrajnog otpora ostrogonskog i kaločkog nadbiskupa i Sveta je Stolica odgađala konačno rješenje još dvije godine.

Zahvaljujući ponovnoj urgenciji bana Jelačića i ustrajnom nastojanju bečke vlade te konačnom zauzimanju papinskog nuncija u Beču, nadbiskupa i kardinala Mihalja Viale-Prela, sve je riješio papa Pio IX. koji je 11. prosinca 1852. godine izdao bulu Ubi primum placuit kojom je uzdignuo Zagrebačku biskupiju na čast nadbiskupije i odredio da grad Zagreb, odnosno crkva Uznesenja Blažene Djevice Marije bude metropolitanskom crkvom nove nadbiskupije i njezinim sjedištem. Novoj su Zagrebačkoj nadbiskupiji kao metropoliji podložne bile biskupije u Đakovu (Bosansko-srijemska biskupija), Senju (Senjsko-modruška biskupija) i Križevcima (Grkokatolička biskupija).